如何改革公立医院的管理体制和运行机制是新医改中最棘手、涉及利益调整最多的关键部分。目前公布的新医改方案框架对此语焉不详。但“十七大”报告中已提出“管办分开”的改革思路，但如何实现“管办分开”亦有不同路径和争议。 
 
 　　对此，复旦大学“公立医院管理体制改革”课题组出台了《外国(地区)公立医院管理体制的经验和教训》报告，该报告专门分析了“管办分开”的国际趋势和国内地方试点，并提出了相关政策建议。

　　复旦报告认为，我国公立医院改革，应当避免将“管办分开”局限在两个政府机构之间。这种形式上的“管办分开”，建立了更多的政府管理层次，而医院本身并没有真正获得经营管理的自主权。从国际经验看，公立医院的企业化管理方式是趋势。

　　“管办分开”两路径

　　“大多数国家的公立医院由政府集中管理。但是，也造成公立医院效率低下和质量低劣等问题。因此，许多国家开始寻找政府管理公立医院的新模式。”医改方案“复旦版”主要参与者、该报告课题负责人、复旦大学经济学院公共经济学系主任蔡江南表示，公立医院如何构建管理体制是国际社会都在探讨的问题。

　　蔡江南带领的课题组研究发现，世界范围内政府管理公立医院的模式可以分为两大类。

　　一类是政府直接管理公立医院，即政府采取行政化手段来管理公立医院，又可称为“管办合一”的模式；另一类是政府间接管理公立医院，即政府采取企业化手段来管理公立医院，又可称为“管办分开”的模式。

　　这两类模式有着明显区别。例如医院领导制度上，前者院长由政府直接委任，各级政府部门行政审批，层层上报。而后者是由医院(集团)董事会任命院长，院长负责医院内部的日常经营管理。前者模式中，医院人员聘任由政府相关部门决定，工资水平和福利参考公务员待遇，需要政府相关部门审批，而后者由医院自主决定。