国家药监局的成立，标志着我国“医药分家”时代的开启。自此之后，卫生部专管医院和医生，药监局则负责药品和医疗器械。中国的药品和医械的监管，第一次从体制层面脱离卫生系统。以后的事实证明，这种体制亦深深影响到中国的医改进程。

　　据称，药监局成立之初，时任总理朱鎔基曾将新任卫生部部长张文康和药监局局长郑筱萸叫到一起，对张文康说，“医出了问题我拿你是问”，然后又对郑筱萸说，“药出了问题我拿你是问”。

　　结果五年之后，张文康因为SARS瞒报问题去职；八年之后，郑筱萸腐败案案发，其本人被判死刑，成为新中国历史上第一位被判死刑的国务院直属部门首脑。

　　尽管随着国家药监局的成立，“医”和“药”从体制上实现了分家。但不争的事实是，这种分家从一开始就不彻底。

　　这一点在“医院制剂”问题上体现得尤其明显。

　　所谓医院制剂，是指市场上没有的、由医院研发、生产流通的一种特殊药品，只允许在本医院使用，不能上市流通。药监局成立后，医院制剂面临一个异常尴尬的处境：一方面，它是药品，理应由药监管；另一方面，它在医院内研发、生产、使用，不进入市场，又似属卫生管。

　　据知情人士透露，国家药监局成立伊始，曾打算将医院制剂的监管权纳入。不过在当时卫生部主要领导的极力争取下，国务院主管领导最终同意保留医院制剂，并交由卫生和药监一起管。这使得我国2001年颁布实施的药品法中，专门就医院制剂设一章节，以区别于国字号药品。