政府举办的中医医疗机构人员基本工资、国家规定范围内津贴由财政全额拨款，陈勇反复向记者强调了这一点。2004年卫生部起草的《关于深化城市医疗体制改革试点的指导意见（征求意见稿）》提出“将城市医疗机构划分为政府所属医疗机构、社会非营利性医疗机构和营利性医疗机构三类，分别实行不同的经济政策。政府所属医疗机构是指政府投资、承担政府赋予的任务，不以营利为目的的医疗机构，政府对所需的建设发展资金和经常性经费给予合理补助。”北京地区政府所属的中医医疗机构，承担着政府赋予的公共卫生、预防保健、妇幼保健、计划生育、传染病监控、精神病人监管、餐饮业人员健康管理和教学科研任务，但相应的政府财政支持力度远远不够。例如，卫生事业费中的人员工资部分，原来是根据各医院的编制床位和定编人数按比例拨款，而目前北京市部分区属二级中医院的拨款仅占医院人员工资支出的13.8%，许多中医院已不再享受财政拨款。在政府财政投入不足的情况下，当前医院的运行和发展主要依靠医疗服务收入，这使得中医“简、便、验、廉”的服务优势反而成为劣势。

　　从2005年北京地区二级以上中医医院与综合医院业务指标比较看出，北京市中医医院平均每诊疗人次医疗费用和平均每一出院患者医疗费用都明显低于同级综合医院，中医医院“简、便、验、廉”的服务优势明显。中医医院平均每一医师承担的工作量高于同级综合医院的同时，而业务收入却低于同级综合医院。