发生输卵管妊娠的病因有：
一、输卵管炎症 慢性输卵管炎，输卵管内膜因炎症粘连形成狭窄部，输卵管曲折或输卵管周围有炎症粘连，常使孕卵受阻。输卵管炎不仅引起形态上的变化，且使输卵管内膜纤毛常有缺损，输卵管蠕动能力降低，影响孕卵移行。
二、输卵管发育不良或畸形 输卵管发育不良者，其壁之肌纤维发育差或缺乏，内膜纤毛缺乏，其外形较正常输卵管细薄，并弯曲呈螺旋状，较正常为长。发育畸形者有多孔、憩室、双输卵管口或另有一发育不全的输卵管，为副输卵管。
三、输卵管的子宫内膜异位症 子宫内膜组织可侵入输卵管间质部，使间质部增厚，管腔狭窄或阻塞为输卵管妊娠原因之一。有人提出，异位于输卵管、卵巢、盆腔的子宫内膜，对受精卵可能有某些趋化作用，诱发受精卵在宫腔以外的位置着床。
四、盆腔内肿瘤压迫或牵引 可使输卵管变细变长，迂回曲折，阻碍孕卵通过。
五、节育措施与异位妊娠 宫内节育器是否会引起异位妊娠，是一个人们关注和争议的问题。1965年李普首先报告了IUD使用者，有较高的异位妊娠。多数学者认为惰性或活性IUD能有效的防止宫内妊娠，部分防止输卵管妊娠，而不能防止卵巢妊娠。近年来国内外带器异位妊娠发生率明显增加。
绝育术后再通、新生伞、技术错误等均可形成输卵管妊娠。
六、衣原体感染 是异位妊娠的一种单独存在的重要因子。当衣原体抗体滴度1∶16，相对危险性为2.91滴度1∶64则为3.0。
